GenFind V3のパフォーマンスデータ

血液(全血、血漿、血清)からのゲノムDNA抽出

GenFind V3キットは、SPRI磁性ビーズ技術をベースにしたゲノムDNA(gDNA)抽出・精製するための試薬キットです。EDTA、クエン酸塩、ヘパリンなどの抗凝固剤を含む採血管に採取した血液、および凍結した血液から、PCRやNGSなどに使用できるgDNAを精製できます。2mLマイクロチューブまたは96ウェルプレートでマニュアル操作で抽出を行え、また各種ベックマン・コールターのBiomek自動分注ワークステーションで96ウェルフォーマットで自動化することができます。また、非凍結または凍結血液サンプルの両方から安定してゲノムDNAを抽出することが可能です。

 
  • ゲノムDNAを、一貫した高い純度と収量で抽出・精製
  • 抗凝固剤などの残存がなく、特異的なPCRやNGSなどのアプリケーションにも最適
  • 最大400 μLの非凍結血液または凍結血液を処理可能

ゲノムDNAの収量および精度の比較

GenFind V3と他社キット製品を使用して、抗凝固剤としてEDTA、クエン酸塩、またはヘパリンを添加した全血200 µLからDNA抽出を行いました。各実験は、非凍結血液と凍結血液の両方で行いました。DNA定量は、Quant-iT DNA assay kit, Picogreen, NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) を使用しました (Figure 1)。GenFind V3は、抗凝固剤の影響を受けづらいことがわかります。DNAへのタンパク質の混入を指標とした精製度は、NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) によりA260/A280比の算出により評価を行いました (Figure 2)。各条件で高いA260/A280比を得ており、タンパク質の混入は少なくなっています。

 

GenFind V3 gDNA Yield

Figure 1

GenFind V3 Purity DNA Isolation

Figure 2

 

GenFind V3によるgDNAの精製度の向上

各社キット製品を使用して、抗凝固剤としてEDTA、クエン酸塩、またはヘパリンを添加した全血200 µLからDNA抽出を行いました。各実験は、非凍結血液と凍結血液の両方で行いました。DNAへの低分子化合物の混入を指標とした精製度は、NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) によりA260/A230比の算出により評価を行いました。GenFind V3は各条件で、他社キットより高いA260/A230比を得ており、低分子化合物の混入は少なくなっています。
 

GenFind V3 DNA Purity Data

Figure 3

高収率:血液400 μLから、最大12 μgの収量

サンプル量を増やすことで、精製度に影響を及ぼすことなく、総収量を増やすことができます。GenFind V3を使用して、抗凝固剤としてEDTAを添加した非凍結の全血200 µLおよび400 µLからDNA抽出を行いました。DNA定量は、NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) を使用しました。全血400 µLからDNA 12 µgが抽出できました。

 

GenFind V3 DNA Yield Data

Figure 4

GenFind V3 Purity DNA Isolation from Blood

Figure 5

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

高精製度:PCR阻害物質を除去精製

GenFind V3を使用して、抗凝固剤としてヘパリン、EDTA、クエン酸塩を添加した非凍結の全血からDNA抽出を行い、そのDNA 10 ngを鋳型としてqPCRを行いました。β-アクチン遺伝子(ActB)のエクソン4と5にまたがるように設計されたプライマーセット (Forward: 5'-ggacttcgagcaagagatgg-3', Reverse: 5'-agcactgtgttggcgtacag-3') を用いて327 bpのアンプリコンを得ました。いずれの条件でも、PCRに阻害は見られませんでした (Fingure 6)。Figure 7では、GenFind V3とGenFind V2を使用して、クエン酸塩を添加した凍結した全血からDNA抽出を行い、そのDNAを鋳型としてFigure 6と同じ条件でqPCRを行いました。GenFind V3のほうがV2より、良好な増幅を示しました。

 

GenFind V3 Fresh Whole Blood DNA Isolation

Figure 6

GenFind V3 Frozen Whole Blood DNA Isolation

Figure 7

高完全性:DIN 9以上の分解の少ないDNA

GenFind V3は高品質のDNAが精製できます。GenFind V3、GenFind V2、他社抽出キットを使用して、抗凝固剤としてヘパリン、EDTA、クエン酸塩を添加した全血からDNA抽出を行いました。DNAの完全性の評価には、Agilent Genomic DNA ScreenTape を使用しました。クエン酸塩添加の全血を、GenFind V3で抽出したDNA(DIN 9.7)の泳動チャートでは、GenFindシリーズは各条件でDIN 9以上を示し、他社抽出キットよりも分解の少ないDNAの抽出が可能であることを示しました。
 

 

GenFind V3 Performance Data DNA Isolation

Figure 9

GenFind V3 Performance Data and Information

Figure 10

 

ワークフロー

GenFind V3のDNA抽出ワークフロー

1. Lyse whole blood or serum in Lysis Buffer and Proteinase K
2. Bind Buffer(磁性ビーズ)にDNAを結合
3. 磁性ビーズを磁石に結合させ上清を除去
4. Wash Buffer 1で磁性ビーズを洗浄
5. Wash Buffer 2で磁性ビーズを洗浄
6. 溶出液で磁性ビーズから精製DNAを溶出
7. 精製DNAを回収

簡便な実験:カラム式より短時間、少ないピペッティング回数

GenFind V3と他社カラムキットとの1~96サンプルのDNA抽出実験時間(ハンズオンタイム)を比較しました (Fugure 11)。12サンプル以上の場合で、GenFind V3のほうがハンズオンタイムが短くなります。Figure 12では、GenFind V3と他社カラムキットとの1~96サンプルのDNA抽出に要するピペッティング回数を比較しました。ピペット操作には、サンプルの分注、混合、上清の廃棄が含まれます。マルチチャネルピペットを使用できるので、カラムベースのキットよりも、24サンプル以上の場合、GenFind V3のほうがピペッティング回数が少なくなります。

 

GenFind V3 Hands on Time

Figure 11

GenFind V3 Pipette Actions DNA Isolation

Figure 12

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

製品情報

GenFind V3 Reagent Kit は、サンプル量に応じて2種類のキットサイズでご利用いただけます。お求めは、販売代理店にご連絡いただくか、弊社の製品ページから見積もりをお願いいたします。

PART # NAME PREPS
C34880 GenFind V3 50
C34881 GenFind V3 384

 

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