SPRIselect

アプリケーション： DNAサイズセレクション, PCR産物精製, NGSライブラリのクリーンアップ

40種類以上のNGSライブラリ調製キットで採用されているSPRIselectは、試薬のロット間差を最小限に抑え、高いDNAサイズセレクションのパフォーマンスを発揮します。さらに、室温で保存可能です。

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SPRIselect Beads—PCR&NGS Size Selection and Cleanup—Beckman Coulter Life Sciences

分析証明書（COA）は、 ページ上部の検索バーにロット番号を入力して検索してください。

安全性データシート（SDS）は、ページ下部の技術資料からダウンロードしてください。

核酸抽出・精製試薬キットのカタログはこちら。

本製品の使用にはマグネットアクセサリが必要です。

製品モデル

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概要

磁性ビーズ式のSPRIselectは、高品質なシーケンスデータを得るために重要なNGSライブラリ調製におけるDNAサイズセレクション工程を最適化するようにデザインされています。DNAサイズ選択的な結合を実現する、実績のあるSPRI 磁性ビーズ技術を採用しています。

DNAサイズセレクション・精製用途

150bpから800bpまでのDNAサイズセレクションに対応し、使用するアプリケーションやシーケンサーに合わせて柔軟に条件変更可能

ゲルなど特別な装置は不要

試薬ロット間差を最小限に抑え、高い再現性を確保

SPRIselectの簡便なワークフローとその自動化により、DNAサイズセレクション工程はさらに効率かつエラー低減化され、迅速かつ信頼性の高いシーケンス結果を得ることができます。.

仕様

サンプル DNA断片、PCR産物
得られる標品 サイズセレクションされたDNA
DNAサイズセレクション範囲 150–800 bp
磁性ビーズ比率 DNAサイズセレクション条件による、精製の場合は1.8培容.
様態 液体
容量 5 mL, 60 mL, 450 mL
アプリケーション DNAサイズセレクション, PCR産物精製, NGSライブラリ クリーンアップ
実験形式 オートメーション、マニュアルともに対応

基盤技術

 SPRI磁性ビーズ技術
保存温度 常温

パフォーマンス データ

SPRISelectを用いて、大腸菌ゲノムDNA断片をサンプルとした2種類のDNAサイズセレクションを行いました。同じ実験を各3回行いましたが、非常に再現性の高いDNAサイズサイズセレクション能力を示しました。（左）x 0.5のライトサイドセレクション実施例。（右）x 0.5のレフトサイドセレクション実施例。DNA断片サイズは、Agilent 2100 Bioanalyzer high sensitivity chipを用いて測定しました。43bpと115bpのピークは内部マーカーです。

SPRIselect Beads—Left Side DNA Size Selection Performance

SPRIselect Beads—Right Side DNA Size Selection Performance

詳細なデータはこちら

ワークフローと自動化

SPRIselect レフトサイドセレクション ワークフロー

SPRIselect Beads—Left Side Size Selection Workflow
  1. 磁性ビーズにDNAを結合させる
  2. 磁石に磁性ビーズを結合させ、夾雑物を除去
  3. 磁性ビーズを85%エタノールで洗浄し、さらに夾雑物を除去
  4. 磁性ビーズからDNAを溶出
  5. DNAを新しいプレートに移す

SPRIselect ライトサイドセレクション ワークフロー

SPRIselect Beads—Right Side Size Selection Workflow

  

  1. 磁性ビーズにDNAを結合させる
  2. 上清を新しいプレートに移す
  3. 磁性ビーズにDNAを結合させる
  4. 磁石に磁性ビーズを結合させ、夾雑物を除去
  5. 磁性ビーズを85%エタノールで洗浄し、さらに夾雑物を除去
  6. 磁性ビーズからDNAを溶出
  7. 精製DNAを新しいプレートに移す

SPRIselectは、サンプル数に応じて、手動実験または自動分注機を使った自動実験の両方でで行うことができます。

右の表では、8, 24, 48, 96サンプルを 弊社自動分注機 Biomek i7 Hybridを用いて、SPRIselectによるDNAサイズセレクションを行うのに必要な手作業時間と合計時間を分単位で示しています。

Biomek i-SeriesでのDNAサイズセレクション自動化の詳細については、アプリケーションノートをご覧ください。

アプリケーションノートを読む

手動実験 自動実験
Batch Size 8 手作業時間 10 10
合計時間 20 40
24 手作業時間 15 10
合計時間 25 42
48 手作業時間 NR 15
合計時間 NR 51
96 手作業時間 NR 15
合計時間 NR 60

NR = Not Recommended

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参考資料

カタログ

 

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データシート（英語）

 

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顧客インタビュー（英語）

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アプリケーションノート（英語）

 

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カタログ（英語）

 

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製品紹介動画

 
 
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よくある質問

主な違いは使用目的です。SPRIselectは、DNAサイズセレクション性能について厳しいQCを行っています。AMPure XPは、PCR産物およびNGSライブラリの精製についてのQCを行っています。 違いについての詳細.

解凍後の製品性能については保証できません。

いいえ。持ち込まれた磁性ビーズは、下流の酵素反応に悪影響を与えません。

40μLを推奨します。それ以下では、溶出液を別のプレートに移す際の大量の磁性ビーズの持ち込みや、収量の低下を引き起こす場合があります。ほとんどの96ウェルPCRプレートでは、磁性ビーズを十分に浸すためには最低40μL必要です。他社の特別な実験器具と磁気プレートの組み合わせによっては、溶出量を少なくできる場合もあります。

弊社の磁性ビーズは、結合、洗浄、溶出のための多因子平衡化学に従っています。結合バッファーは、磁性ビーズ表面上の結合部位（官能基）での核酸の結合を促進し、洗浄ステップはこの結合を保ちながら夾雑物を可溶化して除去します。溶出は磁性ビーズと核酸の結合状態を解き、精製核酸が溶液に遊離します。

設定したDNAサイズセレクション条件と、サンプルのDNAサイズ分布にに大きく依存します。一般的に、DNAサイズセレクションの特異性が高い選択するフラグメントサイズの範囲が狭い）条件では、収量も低下します。

ベックマン・コールター ライフサイエンスによる、SPRIselect 技術資料は こちら.

他にもご不明な点ございましたら、お気軽にお問い合わせください。

引用文献

SPRIselectは、3,000以上の論文で引用（Google Scholar）され、Science、Nature、PNASの論文でも引用されている。ここでは例としていくつかの論文を紹介します：

ライブラリのDNAサイズセレクション
Greenwald WW et al. Subtle changes in chromatin loop contact propensity are associated with differential gene regulation and expression. Nat Commun. 2019 Mar 5;10(1):1054. doi: 10.1038/s41467-019-08940-5.
cDNAライブラリでの使用
Kubo M et al. Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation. Nucleic Acids Res. 2019 May 21;47(9):4539-4553. doi: 10.1093/nar/gkz181.
ChIP-Seqライブラリでの使用
Behera V et al. Interrogating Histone Acetylation and BRD4 as Mitotic Bookmarks of Transcription. Cell Rep . 2019 Apr 9;27(2):400-415.e5. doi: 10.1016/j.celrep.2019.03.057.

技術資料

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