FFPE組織からのDNA/RNAの抽出（手動実験・自動処理）

ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織からのDNA/RNA抽出は、前処理を含め大きな困難が伴います。FormaPure XLは、次世代シーケンシング（NGS）やqPCRを含む下流アプリケーションに好適なDNA/RNA抽出が実証されている試薬キットです。重要な遺伝情報を失うリスクを最小限に抑えるためには、FFPE組織からの抽出DNA/RNAの分解程度の小ささ、収量、純度を最大限に高める必要があります。

• FFPE組織サンプルからの抽出、抽出DNA/RNAのNGS解析まで実証
• 10~70µMのスタートサンプル濃度に対応
• qPCRやNGSアプリケーションの結果向上に貢献する高品質な抽出DNA/RNA

NGSのパフォーマンスは分解の少ないRNA抽出から始まる

フラグメント解析の結果から、FormaPure XLはカラム式キットで抽出したRNAと比較して、DV200スコア（200nt以上のRNAの割合）の高いRNAを抽出します。DV200スコアが高いと、NGSのパフォーマンスが向上します。

Figure 1, 2：FormaPure XL Total/RNAは、カラム式キットよりも分解の少ないRNAを抽出します。FormaPure XL RNA（青チャート）とカラム式キット（オレンジチャート）を用いて、4 種類の FFPE 組織からRNAを抽出し、Agilent RNA ScreenTapeでフラグメントサイズを評価しました。乳がんと大腸がん組織からのRNA抽出は、10μm切片7枚から行いました。DV200の値は、200nt以上のRNA断片の割合です。

Figure 3：乳がん、大腸がん、前立腺がん、肺がんの各組織から10μm切片1枚からRNA抽出を行い、Agilent RNA ScreenTapeで抽出RNAを評価しました。FormaPure XL Total/RNAは、カラム式および超音波式キットと同等以上にRNA分解程度が小さいという結果となりました。DV200の値は、3回のテクニカルレプリケートの平均および標準偏差を表しています。

DNA/RNA収量は以下の要素によって決まります：組織の種類、組織の大きさ、腫瘍の種類、固定方法、パラフィン包埋方法、試薬、保存条件、組織投入量、抽出化学、固定からの年数

Figure 4：5種類のFFPE組織（10μm切片7枚）からFormaPure XL Totalとカラム式キットを用いてDNA/RNAを抽出しました。3回のテクニカルレプリケートによる平均収量および標準偏差を示しました。DNA/RNA収量は、ThermoFisher Quant-it assayで定量しました。

FormaPure XLは、希望するFFPE組織切片数（最大10μm切片7枚）からDNA/RNAを抽出することができます。

Table 1：乳がんFFPE組織からFormaPure XL Totalを用いて、切片（Curl）数を変えてDNA/RNAを抽出しました。DNA/RNA収量は、10μm組織切片7枚からDNA抽出した場合を除いて、切片数が増えるにつれて収量が増加しました。このデータの解釈には、切片内の組織含有量のばらつきを考慮する必要があります。

FormaPure XL Total ワークフロー

1. FFPE組織の脱パラフィン
2. FFPE組織の溶解、RNA用サンプルの脱クロスリンク
3. Lysateの半分をRNA用サンプルとして分割し精製
4. 磁性ビーズにRNAを結合
5. 磁性ビーズと夾雑物を磁力で分離
6. 磁性ビーズを80%エタノールで洗浄し夾雑物を除去
7. DNase I 処理
8. RBAバッファーによるRNAの磁性ビーズへの再結合
9. 磁性ビーズと夾雑物を磁力で分離
10. 磁性ビーズを80%エタノールで洗浄し夾雑物を除去
11. 磁性ビーズからのRNAの溶出
12. 溶出したRNAを新しいプレートに移す
13. Lysateの残りをDNA用サンプルとして精製
14. RNA精製中に、DNA用サンプルの脱クロスリンク
15. RNase A処理
16. 磁性ビーズにDNAを結合
17. 磁性ビーズと夾雑物を磁力で分離
18. 磁性ビーズを80%エタノールで洗浄し夾雑物を除去
19. 磁性ビーズからのDNAの溶出
20. 溶出したDNAを新しいプレートに移す

手動抽出と自動抽出の所要時間比較

FormaPure XL Total/DNA/RNAは、手動実験・自動処理の両方の抽出ワークフローに適した柔軟な抽出試薬キットです。

• スループットに応じた自動化提案
• すぐに導入可能なBiomek自動化メソッド
• 試薬、自動分注機、自動化メソッドの知識豊富なベックマン・コールターによる包括サポート

Table 2：8, 24, 48, 96サンプルからのFormaPure XL Total/DNA/RNA抽出を行うために必要な、手作業時間と合計時間（hour）の推定値です。手動実験だけではなく、自動分注機Biomekシリーズで自動抽出を行うことができます。Biomek i7 Hybridで自動抽出に要する時間を示しており、手動実験と自動処理の所要時間の違いがわかります（NR = 推奨しない処理）。

製品モデル

FormaPure XL Total/DNA/RNAは、スループットに合わせてそれぞれ2種類の製品を用意しています。表の製品番号をクリックして、お見積もりをご依頼ください。

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