AMPure XP
アプリケーション： PCR産物精製, DNA精製, NGSライブラリのクリーンアップ
NGSライブラリ調製におけるDNA精製のゴールドスタンダードになっている磁性ビーズ式キットです。200以上のライブラリ調製キットで採用されています。
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分析証明書（COA）は、 ページ上部の検索バーにロット番号を入力して検索してください。
安全性データシート（SDS）は、ページ下部の技術資料からダウンロードしてください。
核酸抽出・精製試薬キットのカタログはこちら。
- 日本語クイックマニュアル - AMPure XP プロトコル
- AMPure XP 性能データ
- サンプルと磁性ビーズの比率の重要性
- DNA精製試薬キットがシーケンス品質に及ぼす影響
- 自動分注機 Biomek シリーズでの自動化
- Webセミナー：カラム式DNA精製キットとの差異
- お客様の声：iGEM 2021 Kyoto チーム [PDF]
- お客様の声：国立がん研究センター研究所 大木 理恵子 先生 [PDF]
本製品の使用にはマグネットアクセサリが必要です。
製品モデル
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概要
磁性ビーズ式のAMPure XPは、DNAシーケンス、各種PCR、マイクロアレイ、その他の酵素反応など様々なゲノミック アプリケーションにおけるDNA精製に最適です。SPRI磁性ビーズ技術は、任意の核酸のサイズのみを選択的に磁性ビーズに結合させることが可能です。
DNA精製用途
100 bp以上のPCR産物を、高収量で精製
dNTP、プライマー、プライマーダイマー、塩類、その他夾雑物を効率的に除去
結合するDNAサイズの制御
精製収量、再現性、スピードを最大化し、NGSワークフロー全体を効率化する AMPure XP は、現代のゲノム アプリケーションの厳しいニーズを満たし、データの損失リスクを最小限に抑えます。イルミナ、オックスフォード・ナノポアテクノロジーズ、PacBio、サーモフィッシャーサイエンティフィックなど主要各社を含め、200を超えるNGSライブラリー調製キットのプロトコルで採用されています。
仕様
| サンプル | PCR産物、DNA断片 |
| 精製標品 | DNA |
| 収量 | 100 bp以上のPCR産物では通常 60-90%、多くの場合で70-90% |
| ビーズ比率 | 精製にはサンプルの 1.8倍容、その他の比率についてはこちら |
| 様態 | 液体 |
| 容量 | 5 mL, 60 mL, 450 mL |
| アプリケーション | PCR産物精製、DNA精製、NGSライブラリ クリーンアップ |
| 実験形式 | オートメーション、マニュアルともに対応 |
| 基盤技術 | SPRI 磁性ビーズ技術 |
| 保存温度 | 4 °C |
パフォーマンス データ
AMPure XP が高収量を維持しながら、試薬比率（AMPure XP/サンプル）によって得られるDNAサイズが異なることを示しています。
| チャートの色 | ビーズ比率 |
| ピンク | Input |
| 赤 | 1.8 x |
| 青 | 0.9 x |
| 緑 | 0.7 x |
| 水色 | 0.6 x |
貴重なデータを失わないために
重要なプロジェクト/実験でこそ、DNA精製試薬としてAMPure XP を選んだほうがよいでしょう。精製工程でのサンプル損失は、そのまま重要データの損失につながります。AMPure XP を使用すれば、他の精製試薬と比べて、ゲノム/遺伝子情報を最大で34％も失わずに済みます。
左の図は、NGS各工程（核酸抽出、ライブラリ調製、ライブラリ精製、シーケンス）におけるの相対的なコストを示しています。コストは、2017年の市販キットおよび試薬の平均価格に基づいて算出しています。精製効率は、既知量のDNAサンプルに対して精製を行った後、PicogreenによりDNA収量を蛍光定量することにより算出しました。次に、AMPure XPおよび他の精製キットの収量データから、様々な市販のライブラリー調製キットでの調整効率への影響を計算しました。
ワークフローと自動化
AMPure XP ワークフロー
- 磁性ビーズにDNAを結合させる
- 磁石に磁性ビーズを結合させ、夾雑物を除去
- 磁性ビーズを70%エタノールで洗浄し、さらに夾雑物を除去
- 磁性ビーズからDNAを溶出
- 精製DNAを新しいプレートに移す
AMPure XP は、サンプル数に応じて、手動実験または自動分注機を使った自動実験の両方でで行うことができます。
右の表では、48サンプル、96サンプル、384サンプル（96ウェルプレート4枚）の精製を行うのに必要な手作業時間と合計時間を分単位で示しています。
弊社自動分注機 Biomek i5 Multichannel での AMPure XP の自動化の詳細については、アプリケーションノートをご覧ください。
| 手動実験 | 自動実験 | |||
|---|---|---|---|---|
| Batch Size | 48 | 手作業時間 | 25 | 5 |
| 合計時間 | 25 | 22 | ||
| 96 | 手作業時間 | 30 | 5 | |
| 合計時間 | 30 | 22 | ||
| 4 x 96 | 手作業時間 | NR | 10 | |
| 合計時間 | NR | 46 | ||
NR = Not Recommended
よくある質問
The reagent will bind DNA and RNA; however, the RNAClean XP reagent is manufactured under RNase-free conditions and is QC tested to be RNase free whereas the AMPure XP reagent is not.
The AMPure XP reagent is manufactured and tested for the storage temperature indicated on the bottle and we can guarantee performance only at that temperature.
Find Beckman Coulter Life Sciences AMPure XP technical documents here.
Although size selection protocols developed by other organizations do exist, we cannot guarantee performance or support this application. We suggest using the SPRIselect reagent, as it is developed specifically for size selection purposes. Visit this page to learn more.
No. Any beads carried over to the final destination plate are inert in downstream enzymatic reactions.
Yes, but the recovery will decrease with a decrease in elution volume. In addition, if the beads cannot reach the magnet during the separation it may be necessary to leave a portion of the eluate behind if bead carryover must be avoided. Be sure to resuspend the beads fully in the elution buffer.
The binding capacity of the beads is so high that they cannot be exceeded with any sample type. It is possible to bind at least 7 μg of nucleic acid to 1 μL AMPure XP reagent, however the sample will become so viscous that it is difficult to pipette the sample.
The recovery depends on the fragment size, sample volume, sample concentration, elution volume and some other factors. Under ideal conditions recovery can be up to 90%, but under sub-optimal it can be as low as 60%.
Our beads rely upon a multifactorial equilibrium chemistry for binding, washing, and elution. Binding buffer components facilitate nucleic acid immobilization at functional-group-rich binding sites on the beads and the wash steps preserve this delicate equilibrium while solubilizing contaminants to allow for their removal. Elution disrupts this balance and re-solubilizes nucleic acids to allow for their separation from the beads.
Learn More →
A dry step can be incorporated after the removal of the last ethanol wash and before the addition of the elution buffer. For purification of very large fragments, such as gDNA, a dry step is not recommended because recovery would be decreased. Fragments up to 40 kb have been known to tolerate a dry step.
他にもご不明な点ございましたら、お気軽にお問い合わせだください。
引用文献
AMPure XPは、21,000以上の論文で引用（Google Scholar）され、Science、Nature、PNASの論文でも引用されている。ここでは例として2つの論文を紹介します：
Greenwald WW et al. Subtle changes in chromatin loop contact propensity are associated with differential gene regulation and expression. Nat Commun. 2019 Mar 5;10(1):1054. doi: 10.1038/s41467-019-08940-5.
Peffers MJ et al. Transcriptomic profiling of cartilage ageing. Genom Data. 2014 Mar 19;2:27-8. doi: 10.1016/j.gdata.2014.03.001.
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技術資料
製品および実証されたアプリケーションは、診断手順での使用を意図したものでも、検証されたものでもありません。