SPADEによる教師なしクラスタリング

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SPADE（Spanning-tree Progression Analysis of Density-normalized Events）は、Cytobankプラットフォーム上で高次元フローサイトメトリーデータのファイルの細胞集団を自動的に同定する方法です。SPADEは、細胞を集団にクラスタリングし、下図のようなツリーの形で表現します1。SPADEは、蛍光フローサイトメトリーとマスサイトメトリー両方のデータに対応しています。

複数のサンプルを同時にSPADE解析した場合、各々のSPADEツリーを個別に見て比較する以外にも、比較ツリーとして表示することができます。設定したチャネルの発現強度値を表示する代わりに、ベースラインに設定したファイル（グループ）に対するFold intensity（強度の倍率）を表示することができます。この処理を行うには、Fold change（倍率変化）グループを定義する必要があります。

Fold changeグループとは、Fold changeを算出するために互いに比較されるファイルの集まりのことです。あらかじめ定めたベースラインファイルと各ファイルを比較しFold changeを計算します。1つのグループ内で複数のファイルをベースラインに設定することも可能です。

 

詳細や手順をさらに知りたい方は、Cytobankのサポートページもご覧ください。

参照文献

  1. Qiu P, Simonds EF, Bendall SC, et al. Extracting a cellular hierarchy from high-dimensional cytometry data with SPADE. Nature Biotechnology. 2011;29(10):886-891. doi:10.1038/nbt.1991

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