Cytobankを使い始めるための５つのビデオ：

1. データ解析の開始方法 (Experiment Manager機能、Experimentのアップロード/複製、スケールとコンペンセーションの調整)
2. Cytobankでゲートする方法 (ゲートとポピュレーションの作成、調整、チェック、テイラードゲート、Boolean演算式での定義設定)
3. Illustration Editor機能の概要 (Figureの作成と変更、複製からの調整、エクスポート、テンプレートからのFigure作成)
4. オーバーレイされたFigureの概要 (様々なゲートポピュレーションまたは条件のカラーオーバーレイプロットを作成、マニュアルゲートで作成したポピュレーションをviSNEマップ上にオーバーレイ表示、統計表のエクスポート)
5. バーチャルファイル統合 (複数ファイルのイベントをひとつのプロットに仮想統合)

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再現性を確保し、コラボレーションを可能にすることで発見を加速

このページでは、ご自身のデータでの解析をすぐに始められるよう、Cytobankプラットフォームの機能の概要をご紹介します。

フローサイトメトリーやその他のシングルセルデータの解析では、コンペンセーションなどの前処理作業やゲーティング、さまざまなタイプのプロットによるデータの視覚化、より詳細な解析やグラフ化を行うための統計結果のエクスポートなど、多くのステップを踏む必要があります。このような解析は多くの場合、研究者個人が手作業で行っており、各ステップで異なるツールを使用することもあります。その結果、一次データと最終的に提示される結果のつながりが、一見しただけでは分からないという状況がしばしば出てきてしまいます。

Cytobankプラットフォームは、このような課題を特に克服すべく設計されています。Cytobankプラットフォーム上で解析されるデータについては、出版物に掲載するクオリティの図表から、その基となっている一次データへと、いつでもドリルダウンすることが可能です。このため科学的な結論がどのように導かれたかを示す重要な情報を、Cytobankは確実に保存し文書化することができます。

CytobankプラットフォームのExperiment Manager機能ではインターフェイス上で、データセット単位であるExperimentの並べ替え、フィルタリング、およびタグ付けを行うことができ、ユーザを目的のデータへナビゲートします。なかでもLinked experiments表示では、Experiment間の関連がツリー状の階層として表示されるため、関連するExperimentを素早く見つけることができることに加えて、解析ワークフローの順序を簡単に把握することができます。

国際的なコラボレーションは、科学的イノベーションを起こす原動力となっています。Cytobankプラットフォームを利用すれば、世界中の研究者がデータを共有し、共同でデータを解析することができます。複数のExperimentをProjectという単位にまとめることができるほか、アクセス権限をカスタマイズした上で共同研究者に割り当てることが可能です。Sample tag機能で実験条件に関する重要な情報をデータに付加することができるので、データセットにアクセスできる全員と共有することができ、情報が個々のラボノートの中に埋もれてしまうことはありません。実験プロトコルや他の実験で得られた結果などの情報も、ファイルの形式に関係なくCytobankプラットフォーム上のExperimentに添付することができ、一元管理することができます。

1．このビデオでは、データのアップロート、スケールの設定、データの補正、Experiment Manager機能を使用してExperimentの様々なセクションをナビゲートする方法、データを共有する方法をご紹介します。

2．Cytobankプラットフォームでのゲートの方法とポピュレーションの機能について概要をご説明します。

複雑なデータセットの動的変化Figureを作成

Cytobankプラットフォームが特に優れている点の1つは、複雑な実験から図を作成する際にSample tag機能を使用して動的変化を結果として視覚化できることです。作図をするIllustration機能の中にSample tag機能があり実験の変数を任意に設定してFigureに使用し、配置することができます。この機能により、FCSのファイル名よりも上のレベル、つまりファイルの持つ実験変数が直接情報として付加されるので、実験変数とデータ処理プロセスが明確な状態でFigureを作成することができます。

3．Illustration機能の概要を説明します。Figureの作成・変更方法、既存のFigureを複製して追加の変更を行う方法、Illustrationをエクスポートする方法をご紹介します。

4．オーバーレイFigureの作成方法を紹介します。様々なゲートポピュレーションまたは条件のカラーオーバーレイプロットの作成方法や、マニュアルゲートで作成したポピュレーションをviSNEマップ上にオーバーレイ表示する方法を学ぶことができます。

5．複数のファイルのイベントをCytobank上でバーチャルに統合し、ひとつのプロットにまとめて表示することができるバーチャルファイル統合について紹介します。

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