サイトメトリー解析ソフトウエア Cytobank お役立ち資料集

クラウドプラットフォーム サイトメトリー解析ソフトウェアCytobank 関連のアプリケーションノート、テクニカルノート、Webセミナー動画など、お役立ちコンテンツをご紹介します。

 

アプリケーションノート

サイトメトリー解析における 次元削減アルゴリズムの選び方

サイトメトリー解析における
次元削減アルゴリズムの選び方

2008 年のviSNEアルゴリズムの最初の論文1以降、フローサイトメトリーの分野では、結果をよりわかりやすく、簡単に可視化するという同じ目的を持った次元削減アルゴリズムがいくつも現れています。Cytobank 9.0に追加された次元削減アルゴリズムについて、詳しく見てみましょう。[2021]

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Cytobankプラットフォーム上でのバイオマーカー探索: CITRUSを用いた予測解析

Cytobankプラットフォーム上での
バイオマーカー探索:CITRUSを用いた予測解析

CITRUSは2014年に最初に論文発表されたデータ解析ツールで、クラスタリングと統計的関連性解析という2つの重要なステップを組み合わせたものです。本アプリケーションノートでは、 CITRUSとは何か、CITRUSでのバイオマーカー探索の方法、Cytobankプラットフォーム上でのCITRUS実行の設定方法などについて説明します。[2021]

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チャネル数の異なるFCSファイルをRで書き換える方法

チャネル数の異なるFCSファイルをRで書き換える方法

フローサイトメーターでファイルを出力した際、染色パネルは同じにもかかわらずチャネル数の異なるFCSファイルが出力されてしまうことがよくあります。同じパネルを使っているにもかかわらずファイル間でチャネル数が異なると、下流の解析、特にマシンラーニング(機械学習)アルゴリズムの高度解析において、問題となります。本テクニカルノートは、パネルとチャネルの不一致を、R のcytofCoreパッケージを使って修正する方法についての手順を説明します。[2021]

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20カラー イムノタイピングデータのマシンラーニング アルゴリズムを用いた細胞サブセットの詳細解析

20カラー イムノタイピングデータのマシンラーニング アルゴリズムを用いた細胞サブセットの詳細解析

データの可視化にはCytobankのviSNE・FlowSOM・SPADEを用いました。マシンラーニングで多く採用されている教師なしアルゴリズムは、従来の既知集団のマニュアルゲーティングよりもバイアスを排除したサブセットの同定や、新規サブセットやゲーティングロスによって見落とされていたサブセットの発見を可能とします。本アプリケーションノートではCytoFLEX LXによる20カラーパネルのマシンラーニングを用いた解析について紹介します。[2020]

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テクニカルノート

フローサイトメトリーハイパラメータ(高次元)データでの マシンラーニングアルゴリズムを用いた解析・可視化 CytoFLEX LX 20カラーパネルでの例

フローサイトメトリーハイパラメータ(高次元)データでのマシンラーニングアルゴリズムを用いた解析・可視化 CytoFLEX LX 20カラーパネルでの例

サイトメトリー関連の技術進化の一方、膨大な情報の管理、共有、可視化と解析が課題となりつつあり、複雑性が高くなるデータを解釈するため、次元圧縮やクラスタリングといったMLアルゴリズムが解析ツールとして多数開発されています。本テクニカルノートでは、CytoFLEX LXフローサイトメーター20カラーのデータを例に用い、MLアルゴリズム がハイパラメータデータの解析にどのように役に立つかを紹介します。[2020]

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フローサイトメトリー解析の KaluzaとCytobankの組み合わせ活用法

フローサイトメトリー解析の
KaluzaとCytobankの組み合わせ活用法
 

本テクニカルノートでは、フローサイトメトリーデータ解析において、コンペンセーションとスケール調整に便利なフローサイトメトリー用解析ソフトウエアKaluzaと、マシンラーニングアルゴリズム解析が可能なクラウドベースフローサイトメトリー解析ソフトウエアCytobankを組み合わせることで、データ解析ワークフローをいかに向上できるか、またその方法について説明します。[2020]

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ポスター/フライヤー

マシンラーニングと フローサイトメトリーが拓く フロンティア

マシンラーニングとフローサイトメトリーが拓くフロンティア

サイトメトリー関連の技術進化の一方、膨大な情報の管理、共有、可視化と解析が課題となりつつあり、複雑性が高くなるデータを解釈するため、次元圧縮やクラスタリングといったMLアルゴリズムが解析ツールとして多数開発されています。本テクニカルノートでは、CytoFLEX LXフローサイトメーター20カラーのデータを例に用い、MLアルゴリズム がハイパラメータデータの解析にどのように役に立つかを紹介します。[2021]

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私はバイオロジストです。 プログラミングはできません!

私はバイオロジストです。 プログラミングはできません!

本テクニカルノートでは、フローサイトメトリーデータ解析において、コンペンセーションとスケール調整に便利なフ ローサイトメトリー用解析ソフトウエアKaluzaと、マシンラーニングアルゴリズム解析が可能なクラウドベースフ ローサイトメトリー解析ソフトウエアCytobankを組み合わせることで、データ解析ワークフローをいかに向上できるか、またその方法について説明します。[2021]

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お客様の声

がん微小環境の1 細胞解析におけるクラウドベース解析ソフトウエアCytobankの貢献

がん微小環境の1 細胞解析におけるクラウドベース解析ソフトウエアCytobankの貢献

がん微小環境の1細胞解析という、先進的で複雑性の高いご研究を精力的に推進されている東京大学定量生命科学研究所の小田健昭様にお話を伺いました。従来の解析技術や集団単位での解析では見えなかった、腫瘍内のがん細胞と免疫細胞との複雑な関係性を解き明かそうとするご研究の一端とその解析についてご紹介くださいました。[2022]

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動画

次元削減アルゴリズムガイドビデオ
(tSNE-CUDA、UMAP、opt-SNE)
再生時間:19分20秒
[2021]

統計機能ツールガイドビデオ
再生時間:41分57秒
[2021]

Cytobank 01 viSNE基本操作
再生時間:13分31秒
[2020]

Cytobank 02 FlowSOM on viSNE
再生時間:13分35秒
[2020]

Cytobank 03 FlowSOM on viSNEの同定
再生時間:14分05秒
[2020]

Cytobank 04 効果的な論文Figureの作成
再生時間:8分13秒
[2020]

Cytobank Logo

Cytobank Bootcamp

Cytobankの機能や使用方法を全5回の動画に分けてご紹介

Session1: Cytobankとマシンラーニング
Session2: Cytobank基本操作
Session3: 次元削減アルゴリズムviSNE
Session4: クラスタリングアルゴリズムFlowSOM
Session5: CITRUSを用いたバイオマーカー探索
[2020]

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関連ページ