チャネル数の異なるFCSファイルをRで書き換える方法
背景
フローサイトメーターでファイルを出力した際、染色パネルは同じにもかかわらずチャネル数の異なるFCSファイルが出力されてしまうことがよくあります。同じパネルを使っているにもかかわらずファイル間でチャネル数が異なると、下流の解析、特にマシンラーニング（機械学習）アルゴリズムの高度解析において、問題となります。本テクニカルノートは、パネルとチャネルの不一致を、R のcytofCoreパッケージを使って修正する方法についての手順を説明します。
目的
- チャネル数の異なるFCSファイルを書き換える方法を知る
Rスクリプト実行のための準備ステップ
- Rの最新版をコンピュータにインストールします。 http://www.r-project.org/
- RStudioをインストールします。 http://www.rstudio.com/
- fl owCore libraryをインストールします。http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/flowCore.html
- cytofCore libraryをインストールします。 https://github.com/nolanlab/cytofCore#Installation
- Mac OSでは、ソフトウエアをインストールした後、使用開始するには、いったんアカウントからログアウトし、再度ログインする必要があります。http://xquartz.macosforge.org/landing/
チャネル数の異なるFCSファイルを書き換える方法
チャネル数の異なるFCSファイルをお持ちで、チャネル数を統一したい時は、後記のスクリプトを実行するとよいでしょう。望むチャネル数と並び順になっているテンプレートファイルを元に、チャネルの追加または削除ができます。既存のFCSファイルをテンプレートファイルとすることも可能です。
まず、チャネルの書き換えが必要な全てのファイルは1つのフォルダにまとめ、テンプレートファイルは別のパスに保存しなければなりません。次のステップのコマンドの最後の行を実行すると、テンプレートファイルとファイルのディレクトリの選択を求められます（図１aおよび1b）。テンプレートファイルを選択し、openをクリックします。次に書き換えが必要なFCSファイルのディレクトリを選択します。ディレクトリフォルダを選択するには、OKをクリックする前に選択ウインドでそのフォルダを開く必要があります。選択したフォルダ内に「Relabeled」という名前のサブフォルダが作成され、書き換えられたFCSファイルがここに書き込まれます。
図1a.テンプレートファイルの選択画面
図1b.書き換えファイルのディレクトリフォルダ選択画面
次に、準備のコンピュータにインストールしたRStudioを開き、以下のコマンドを実行します。上述のテンプレートファイルと書き換えたいファイルをご準備ください。
install.packages(“devtools”)
install.packages(“XML”)
library(“devtools”)
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(version = “3.12”)
BiocManager::install(“flowCore”)
install_github(“nolanlab/cytofCore”)
library(“cytofCore”)
cytofCore.updatePanel()
# これでテンプレートファイルの選択、次に書き換えるFCSファイルのフォルダ選択を求めるウインドが立ち上がります。
# フォルダを選択する際、OKをクリックする前に選択ウインドでフォルダの内に入らなければなりません。
# チャネルの書き換えが必要な全てのファイルを1つのフォルダにまとめ、テンプレートファイルは別のパスに保存しておきます。
Tips for success
- このスクリプトはFCSファイルからコンペンセーションマトリックスを削除します。フローサイトメトリーのデータ解析している場合は、次の解析に進む前に必ずコンペンセーションをデータに再適用してください。コンペンセーションをCytobankにインポートする方法はCytobank 簡易マニュアル（日本語）をご覧ください。または、Kaluza解析ソフトウエアをお持ちの場合は、Kaluzaでチャネルを編集し、Kaluza- Cytobank Pluginで新規FCSファイルをエクスポートする方が簡単です。詳しくはテクニカルノート「フローサイトメトリー解析のKaluzaとCytobankの組み合わせ活用法」をご覧ください。
- ご不明点などは[email protected]へご連絡ください。
- 本テクニカルノートではR 4.0.3とBioconductor 3.12を用いています。
References
http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/flowCore.html
https://github.com/nolanlab/cytofCore#Installation
