先進的で高度な研究にCytobankがお手伝いできること

Cytobank はサイトメトリーデータをはじめとした高次元ライフサイエンスデータを高度に解析するための
先進的なクラウドプラットフォームのソフトウエアです。

 

バイアスのないデータ探索も、とっかかりとなる解析も

Discovery

データ探索

サンプルからすべての細胞集団をもれなく把握できる方法はないだろうか?


  • サンプルに含まれる潜在的な細胞集団も視覚化
  • サンプルグループ間で意義のあるバイオマーカーを発見する
Guided analysis

とっかかりとなる解析

数百サンプルにもなるデータ セットを効率的に解析することは可能だろうか?


  • 大規模/長期的研究に活躍するテンプレート機能
  • 臨床研究で定めた集団の細胞割合やマーカー強度のエンドポイントレポート 

目標:

パネルに含まれているマーカーで分けられるすべての細胞集団を見落としなく同定し解析対象に含めること

目標:

>多数のサンプルやタイムポイントのデータセットの特定の細胞集団の統計的な情報を得ること

例:

  • 腫瘍の微小環境中にはどのような細胞が存在するのか?
  • 末梢血単細胞(PBMC)のどのマーカーが免疫反応と相関するのか?

例:

  • 臨床研究において抗PD-1療法後にCD4+PD-1+細胞の割合がどのように変化するか?
  • どのようにすれば100以上のサンプルのデータセットを効率的に解析できるかどうすれば大量のサンプルを素早く解析できるか?

 

どのような研究課題に、どのマシンラーニングアルゴリズムが適しているか

- バイアスのないデータ探索

  • CITRUS(シトラス)

多数のデータポイント情報から予測されるバイオマーカーを抽出します。クラスタリングと統計的群間比較を行い、 マニュアルゲーティング解析では得られない有意義な洞察を与えてくれます。

Cytobank CITRUS Cluster

  • FlowSOM(フローサム)

処理速度の速い Self-Organizing Map(SOM)アルゴリズムでのクラスタリングによって、すべての細胞での全 マーカープロファイルを明らかにすることでマニュアルゲーティング解析では見落とされてしまうような集団への気 付きを与えてくれます。

 

- とっかかりとなる解析

  • FlowSOM(フローサム)

既存のSOM を用いて新たなサンプルのFlowSOM 解析を行うことができ、視覚的な比較も定量的な比較も可能 としてくれます。

FlowSOM

 

Cytobankでのデータ解析の流れ:データを最大限に活用するためには

Data Analysis Pipeline in The Cytobank Platform How to Get The Most Out of Your Data

Cytobank を用いることで、ハイパラメータ(高次元)データの情報を理解しやすくまとめ、包括的な Figure を作成し、さらなる共同研究者間の円滑なディスカッションを可能とします。

 

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