研究には、それぞれ独自の戦略と個別の要求があります。ワークフローの柔軟性を生かし、アプリケーションプログラミングインターフェース（API）を用いてお客様や周辺の方々が使用しているスクリプトやアプリケーションを統合することができます。   APIは、2つのソフトウエア間の情報のやりとりのための指示や選択のことです。グラフィカルユーザインターフェース（GUI）が、人間がソフトウェアアプリケーションと情報をやりとりするためのビジュアルインターフェースを提供するのと同じように、APIは、他のソフトウェアアプリケーションが特定のソフトウェアアプリケーションと情報をやりとりするためのノングラフィカルインターフェースを提供します。APIを用いることで、任意のスクリプトまたはアプリケーションでCytobankクラウドにアクセスし、使用できます。R、Python、Matlab、Java、Ruby、Perlなどの使用言語を問わず、APIを介してCytobankからデータや設定をプログラムで引き出したり、Cytobankに引き渡したりすることができます。

APIを介したCytobankへのアクセスには、多くの利点があります。

• APIを介することで、Cytobankにない次元削減アルゴリズムやデータクリーンアップスクリプトなどのデータ解析ツールを統合することができ、Cytobankの機能を拡張することができます。
• 同一パネルを用いて複数の被験者を経時的に調べる縦断的研究を行っている場合には、スケール、コンペンセーションおよびゲーティングの設定を予め作成したテンプレートから適用するスクリプトを作成することができます。
• 取得したデータがサーバに保存される複数のプロジェクトを管理している場合には、サーバをCytobankに接続し、装置からファイルが生成されたときに自動でCytobankへアップロードすることもスクリプトでできます。アップロードの手間はわずかですが、いくつものプロジェクトを抱えていると多くの時間がかかります。これにより、時間を節約することができます。
• APIを通じて、新しい共同作業者と多数の実験を自動的に共有したり、そのデータセットにとって最適なパラメータ設定を見つけるために、同じアルゴリズムをわずかに異なる設定で並列に実行したりすることも可能です。これを手動で行うには繰り返しの作業も多く誤りも起こりやすくなりますが、コーディングにより時間を節約し、結果に確信を持つことができます。

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