アコースティック分注による合成生物学の合理化
Echoアコースティック分注機の利点
- サンプルをフェムトモル程度の量まで減少
- チェリーピッキング機能により、高い速度と精度での組み合わせ分注
- 遺伝子合成反応の反応系を、最大100分の1までミニチュア化
- TXTL無細胞発現系のバリデーション試験のコスト削減とスループット向上
- NGSによる検証も合理化
交換可能なDNAのピースのモジュラー化は、合成コストが削減され、設計、構築、テスト、学習のサイクルに沿ってより速くプロセスを進行させることが可能なため、DNA構築ワークフローで推奨される方法です。Echoアコースティック分注機を用いて、さまざまな合成ケミストリーによるモジュラー化DNAの組み合わせによるDNA構築を、ミニチュア化して実現する実証がされてきました。これまでのDNA合成方法では10-20 μLの反応容量が必要なところを、Echo分注機では最大100倍にまで減少させることが可能です。これは著しく反応コストを低減させるとともに、反復サイクル内のさまざまな要素が自動化、統合され、ワークフロー全体、プロジェクト全体を加速させることが可能です。
Echoアコースティック分注機でのミニチュア化による合成反復サイクルの向上
Echoアコースティック分注機を使用することにより、低コストで効率的なワークフローで、合成DNAを作製することが出来ます。これにより、設計した実験をよりハイスループットで実施し、科学者はより広い範囲での研究を進めることを可能とします。
「Echoは非常に高速な装置です。時間の大幅な節約になります。われわれは約12時間のパイプラインを約3時間に圧縮することができました。」
- Dr. Sunil Chandran, Amyris Biotechnologies
より詳細な情報
Echoを用いた合成生物学に関する投稿論文
- Smart DNA Fabrication Using Sound Waves: Applying Acoustic Dispensing Technologies to Synthetic Biology. Kanigowska et al. Journal of Laboratory Automation. 2015:1-8. doi:10.1177/2211068215593754.
- Low-Cost, High-Throughput Sequencing of DNA Assemblies Using a Highly Multiplexed Nextera Process. Shapland et al. ACS Synthetic Biology 2015 4 (7) 860-866. doi:10.1021/sb500362n.
- Engineering DNA nanotubes for resilience in an E. coli TXTL system. Klocke et al. ACS Synthetic Biology 2018 3 (1): ysy001. doi: 0.1093/synbio/ysy001.
- Miniaturisation of high-throughput plasmid DNA library preparation for next-generation sequencing using multifactorial optimization. Suckling et al., Synthetic and Systems Biotechnology 4 (2019) 57-66. doi:10.1016/j.synbio.2019.01.002.
ベックマン・コールター ライフサイエンスのアプリケーションノート
- Modular DNA Assembly of PIK3CA Using Acoustic Liquid Transfer in Nanoliter Volumes.
- Nanoliter Scale DNA Assembly Utilizing the NEBuilder HiFi Cloning Kit with the Labcyte Echo 525 Liquid.
- Miniaturized Multi-Piece DNA Assembly Using the Echo 525 Liquid Handler.
- Miniaturization and Rapid Processing of TXTL Reactions Using Acoustic Liquid Handling.
- Effective Miniaturization of Illumina Nextera XT Library Prep for Multiplexed Whole Genome Sequencing and Microbiome Applications.