CD45分子は単鎖膜貫通タンパク質で、180-220kDaの範囲で少なくとも5つのアイソフォームがあります。これらのアイソフォームは遺伝子配列上の3つのエクソン（A、B、C）の選択的スプライシングによる組み合わせから形成されます。すべてのCD45アイソフォーム構造に共通の、膜近傍の細胞外領域アミノ酸配列が、非限定CD45抗原である白血球共通抗原 （Leucocyte Common Antigen：LCA）です。 CD45クラスターに属するすべてのモノクローナル抗体は、この共通部分に反応し、すべてのCD45アイソフォームを認識できます。各アイソフォームは、多数のN-結合型糖鎖付加部位を含む391~552アミノ酸の細胞外配列を持っています。細胞質内領域には2ヶ所のリン酸化チロシンフォスファターゼ・ドメインがあります。非限定CD45エピトープは、すべてのヒト白血球、すなわちリンパ球、好酸球、単球、好塩基球、好中球表面に発現し、この順に発現が弱くなります。CD45は、リンパ球膜の主要構成成分のひとつです。赤血球及び血小板には存在せず、骨髄中の赤芽球系細胞が成熟する過程で失われていきます。CD45抗体は、骨髄の白血球前駆細胞にも反応します。