CD40抗原は、糖修飾された44-48kDaのリン酸化タンパク質です。腫瘍壊死因子レセプタ（TNFR）スーパーファミリーのひとつで、4箇所のシスティンに富んだ繰り返し部分があります。すべての成熟B細胞系に存在しますが、形質細胞には存在しません。また指状嵌入細胞や上皮細胞の一部、濾胞樹状細胞、繊維芽細胞、マクロファージにも強く発現します。CD40はT細胞のCD154（CD40リガンド）と結合し、B細胞に増殖と分化のシグナルを伝えます。