Kaluzaフローサイトメトリー解析ソフトウエアの特徴
Kaluzaの違い
Kaluza解析ソフトウエアは、フローサイトメーターで生成される*.fcsファイルと*.lmdファイルを扱うためにデザインされた、スタンドアロンのフローサイトメトリー解析ソフトウエアです。このソフトウエアには、リアルタイムで最大2,000万イベントのマルチカラーファイルを処理できるなどの高度な機能が含まれており、他の市販ソフトウエアと比べてきわめて高速の解析が可能です。
制御性T細胞、NK細胞亜集団、間葉幹細胞分野の研究者の方々は、分化段階の解析やきわめて小さな細胞亜集団(サブポピュレーション)の機能に着目します。この場合、統計学的に有意な結果を得るためには、数百万イベント以上のデータファイルが必要となります。Kaluza解析ソウトウエアを用いることで、直観的でユーザーフレンドリーなインターフェースを維持しながら、これらの分野の研究者の方々が、ハイコンテンツなフローサイトメトリーファイルをきわめて高速で解析できるようになります。
Rコンソールのプラグインを用いることで、ユーザー定義のRスクリプトを用いて高度なクラスタリングアルゴリズムや次元縮小アルゴリズムを実行できるようにKaluzaを拡張することができます。これらの技術によって、多次元データの表示が容易になり、研究分野を問わず、サンプルグループ間の差の比較が可能になります。
解析
プロトコルをカスタマイズできるように、Kaluza解析にはさまざまな種類のプロットとテーブルが用意されています。それらをカスタマイズして、最適なデータ表示を実現することが可能です。プロットタイプ | ゲート | 統計量 | コンペンセーション |
• ヒストグラム • ドットプロット • ツリープロット • レーダープロット • 密度プロット • 等高線プロット • オーバーレイプロット • 比較プロット • 細胞周期解析プロット • すべてのプロットを追加 |
• リニア・ディバイダゲート • 四分割/段違い四分割ゲート • ヒンジ付き四分割ゲート • 多角形ゲート • 長方形ゲート • 楕円ゲート • ブール型ゲート • オートゲート • ゲート設定集団をまれなイベントとして表示 • ゲートロジックを表示 |
• 数値 • %合計 • % ゲート • %グランドペアレント • 中央値 • 算術平均 • モード • 標準偏差(SD) • 変動係数(CV) • 変動係数の半値(HPCV) |
• コンペンセーション調整 • コンペンセーションファイルの保存 • コンペンセーションファイルのインポート • 漏れ込みと自家蛍光ベクトル値のリセット • 自家蛍光の考慮 |
レポート生成
あるユーザーが、高度な解析ツールを用いてテンプレートをデザインし、GLP(Good Laboratory Practice)に適合した方法で解析およびレポート生成を効率化した例をご紹介します。
4つのシンプルなコントロールパネル
Kaluzaソフトウエアは、マルチカラーデータを簡単、効率的かつ迅速に分析するように設計されています。4つのシンプルなコントロールパネルで、フローサイトメトリーのデータのあらゆる部分にアクセスできます。
1. 解析リスト(Analysis List)
データファイル(fcsまたはlmd)、プロトコル、コンポジットファイル、解析ファイルなどのすべてのファイルを確認できます。ドラッグ&ドロップを使用して、データを開いたり、並べ替えたり、プロトコルへの適用することができます。アクティブなファイルはハイライト表示され、未保存の作業にはアスタリスクが表示されます。
2. 属性ペイン(Attributes Pane)
パラメータ情報、コンペンセーション、色の優先順位およびプロトコルオプションに素早くアクセスして確認・編集することができます。解析スペースを最大化するためにペインを折り畳むこともできます。
3.ワークスペース(Workspace)
リボンからプロットや表の作成、自動ゲートや注釈などのゲートの追加、アノテーション、コンペンセーションの調整が行えます。データを探索しながら、シートやレポートをさらに追加できます。プロットをドラッグ&ドロップし、ズームツールでワークスペースに表示されるプロットを拡大縮小できます。
4. ツールバー(Tool Bar)
アプリケーションボタンを用いてバッチ処理、QCレポート、プラグイン管理にアクセスできるほか、ファイルを開く、保存、エクスポートすることができます。クイックツールバーには、無制限の元に戻す機能とやり直し機能があります。また、使用説明書などの詳細情報やヘルプにもアクセスできます。
ただ右クリックするだけ
Kaluzaの理念の中心には、右クリックだけで必要なことができる、というコンセプトがあります。右クリックした位置に応じて表示される各ラジアルメニューは、必要な時にいつでも必要なツールを提供します。