DAPI (4’,6-diamidino-2-phenylindole)は二本鎖DNAに結合する青色の核酸染色色素で、DNA分子のマイナーグルーヴにあるATクラスタに結合すると考えられています。DNAと結合するとDAPIの蛍光強度は約20倍増強し、その最大励起波長は358nm、最大蛍光波長は461nmです。DAPIのスペクトル特性はUVもしくはバイオレットレーザーを搭載したフローサイトメーターによる生存率の測定に最適です。DAPIは細胞膜非透過性のDNA色素であり、生細胞の細胞膜は透過しませんが死細胞のように膜構造が壊れている細胞内へは透過し、DNAと結合します。理想条件下では、UVもしくはバイオレットレーザーで励起し425~475nmの波長範囲を検出した場合、死細胞からは明るい蛍光シグナルが検出できます。その他のレーザーにより励起される蛍光色素と併用が可能です。アポトーシス、壊死細胞及び損傷細胞が原因となり、フローサイトメトリーでの生細胞の解析に影響を与える場合があります。DAPI染色された非生存細胞を陽性として識別することで、生細胞をDAPI陰性として識別できます。