CD99は、32kDaの高度にグリコシル化されたI型膜貫通タンパク質で、造血細胞、内皮細胞、中枢神経系上衣細胞、胸腺細胞、卵巣の顆粒細胞、セルトリ細胞、膵臓ランゲルハンス島細胞など多くの細胞種で発現が報告されています。血液細胞上で様々な強度で発現しており、T細胞、NK細胞及び赤血球上は高密度で、B細胞、好酸球及び血小板上は低密度です。この抗原を高度に発現している細胞内において、 CD99が、胸腺細胞及びTリンパ球の細胞死、単球の内皮接着と漏出を経た遊走、リンパ球の細胞間接着の機能を有することが研究で示されています。CD99は、細胞間タンパク質リン酸化活性を有しており、T細胞接着の調節、皮質胸腺細胞の同型接着誘導、アポトーシス及び赤血球によるロゼット形成を誘発します。