CD6抗原はI型の単鎖膜貫通型糖タンパク質で3つの細胞外SRCRドメインを有しており、主に100kDaと130kDaの2つのアイソフォームが存在します。CD6は広範囲に糖化された分子であり、その糖化パターンには差異が認められます。CD6分子はT細胞の活性化に伴い、 セリン、トレオニン及びチロシン残基のリン酸化により修飾を受けます。CD6はT細胞活性化と細胞接着において副刺激分子としての役割を果たします。CD166はCD6の接着受容体として確認されています。CD6抗原は大部分のヒト成熟T細胞、静止期B細胞のサブセット及び髄質胸腺細胞に発現しています。NK細胞にも存在しますが、その他の細胞では報告されていません。