データ管理と保存

インターネットでつながった世界で先端であるために、Cytobankプラットフォームは、科学者に世界のどこからでもアクセス可能な共同作業の場を提供し、大規模で複雑なデータセットをより深く解析することを可能とします。Cytobankプラットフォームは、フローサイトメトリーやマスサイトメトリーのデータをウェブ上で管理・解析・共有する方法を提供します。複数の場所や専門分野に跨がった共同研究が行われる今日では、さまざまなグループのユーザーがさまざまなレベルでデータにアクセスできるプラットフォームが必要とされています。

データを整理して表示する

サイトメトリー解析での大変さのひとつには、実験の詳細情報(用量や化合物の種類、タイムポイント、その他の実験変数など)を把握できるようにすることです。Cytobankの解析システムでは、Sample Tagsによってユーザーがピボットやフィルタリング、図の作成をできるように設計されています。情報が詳細であるほど、図の作成やピボットにおけるユーザーの自由度は高まります。ユーザーは、「用量1 ng/mLのデータは、どのFCSファイルに入っているか」といったことを覚える必要がなくなり、「用量増加に反応するのはどの集団か」、「T細胞数が少ないのはどのサンプルか」といったことを集中して考えられるようになります。また、各Experimentにファイル(Adobe PDFやPowerPoint、Excelスプレッドシートなど)を添付することもできます。メールソフトのようなインターフェース(Experiment Manager)が用意されており、ユーザーは自身のExperimentを整理したり、検索できます。さらに、マシンラーニング解析のアルゴリズム設定は自動的に保存されます。これは、実験の再現性を確認するための重要な機能です。 
Experiment Summaryのページには、Experimentに関する情報がまとめられています。これには、Experimentの詳細に加えて、次のような情報が含まれています。

  • 目的・コメント・プロジェクトメンバー

  • 保存された図 (illustrations)

  • アップロードおよびエクスポートされた添付ファイル

  • プロトコル

  • ExperimentのFCSファイルリストと関連メタデータ

 

関連するExperimentはグループ化され、関係性は「家系図」のように視覚表示されます。Experiment Managerでは、Experimentの共有や名前の変更ができます。また、リストに表示する項目や「お気に入り」をカスタマイズすることもでき、さらには、Primary Researcherフィルターで、共同研究者やグループメンバーが何をしているかを(許可された範囲内で)すぐに確認できるようになっています。

データをクラウドにアップロードすることで、研究グループ内のファイル管理も便利に行えるようになります。特にラボメンバーが新しいポジションに異動したときに、PIやグループのマネージャーは、メンバーのラップトップ内にあるFCSファイルや解析結果を探し回らなくて済むようになります。

データのコピーをCytobankに保存しておくもう1つの利点は、データベースの定期的なバックアップが行われていることです。FCSファイルや解析結果を保存しているコンピュータが突然故障しても、Cytobank上に保存されているファイルや解析結果に簡単にアクセスし、別のコンピュータに復元することが可能です。

 

共有とアクセス権限管理

世界のどこにいてもCytobank上でExperimentを共有すれば、他のユーザーに重要な内容を細部まで見てもらうことができます。クラウド上にあるデータや解析結果は、時間や空間の制限なく同僚や共同研究者と情報を共有することが可能です。複数の場所や専門分野に跨がった共同研究が行われる今日では、さまざまなグループのユーザーがさまざまなレベルでデータにアクセスできるプラットフォームが必要とされています。

 

Cytobankのプラットフォームでは、目的によってまとめ分けた複数のExperimentを「プロジェクト」としてグループ化し、グループ内で共有することができます。複数の場所や専門分野に跨がった共同研究が行われる今日では、さまざまなグループのユーザーがさまざまなレベルでデータにアクセスできるプラットフォームが必要とされています。

  • プロジェクト内メンバーに役割を付加
  • メンバーのデータ操作権限を管理
  • プロジェクト内Experimentの追加や削除が可能

グローバルに共同作業を

実験の詳細についての充分な情報が一緒に提供されなければ、実験結果について議論することは無意味です。Cytobankプラットフォームでは、データセットに解析過程における詳細な情報をすべて一緒に保存することができます。また、これらの詳細情報を数回クリックするだけで世界中の共同研究者と共有することができます。

ユーザーは、Cytobank上でExperimentを他のユーザーと共有することができます。ウェブブラウザが入っていてインターネットに繋がっているコンピュータであればどこからでも、データのバックアップ保存をすることができ、FCSファイルが添付されたメールでメールボックスをいっぱいにすることもありません。さらに、Experimentを探したり並べ替えたり、特定のExperimentだけや複数のExperimentをまとめたProject単位でのアクセス権限を設定した共有も簡単です。

まず実験結果を確認した上で、その元となっている生データまで掘り下げることができます。必要な情報を共有し、研究室の仲間や同僚、研究分野コミュニティの人たちとの有意義なディスカッションをすることもできます。フローサイトメトリーデータの解析結果は、従来のようなプロット表示はもちろん、ヒートマップやヒストグラムオーバーレイのようなまとまった表現や、SPADE・FlowSOM・viSNE・CITRUSといった高次元データを2次元に視覚化する先端的な手法での表現もできます。